ตามที่สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงมีพระราชดำริบางประการเกี่ยวกับการอนุรักษ์พันธุกรรมพืช ซึ่งมีใจความดังต่อไปนี้
“การสอนและอบรมให้เด็กมีจิตสำนึกในการอนุรักษ์พืชพรรณนั้น ควรใช้วิธีการปลูกฝังให้เด็กเห็นความงดงาม ความสนใจ และเกิดความปิติที่จะทำการศึกษาและอนุรักษ์พืชพรรณต่อไป การให้วิธีสอน การอบรมและให้ความรู้สึกกลัวว่า หากไม่อนุรักษ์แล้วจะเกิดผลเสียเกิดอันตรายแก่ตนเอง จะทำให้เด็กเกิดความเครียด ซึ่งจะเป็นผลเสียแก่ประเทศในระยะยาว”
โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ ได้ดำเนินงานสนองพระราชดำริจัดตั้งงาน “สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน” เพื่อเป็นสื่อในการสร้างจิตสำนึกด้านอนุรักษ์พันธุกรรมพืชโดยให้เยาวชนนั้นได้ใกล้ชิดกับพืชพรรณไม้ เห็นคุณค่าประโยชน์ ความสวยงาม อันจะก่อให้เกิดความคิดที่จะอนุรักษ์พืชพรรณต่อไป
สวนพฤกษศาสตร์ คือ แหล่งที่รวบรวมพันธุ์พืชชนิดต่างๆ ทีมีชีวิต จัดปลูกตามความเหมาะสมกับสภาพถิ่นอาศัยเดิม มีห้องสมุด สถานที่เก็บรวบรวมตัวอย่างพรรณไม้รักษาสภาพ อาจเป็นตัวอย่างแห้งหรือตัวอย่างดอง หรือเก็บรักษาด้วยวิธีอื่นๆ พันธุ์พืชที่ทำการรวบรวมไว้นั้นจะเป็นแหล่งข้อมูลและการเผยแพร่ความรู้เกี่ยวกับพันธุ์ไม้ นอกจากนี้สามารถใช้เป็นแหล่งพักผ่อนหย่อนใจซึ่งสามารถดำเนินการสวนพฤกษศาสตร์ในพื้นที่ของโรงเรียน โดยมีองค์ประกอบดังกล่าว เป็นสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนใช้ในวัตถุประสงค์ดังกล่าว อีกทั้งใช้ในการศึกษาและเป็นประโยชน์ในการสอนวิชาต่างๆ
จากพระราชดำริและพระราโชวาทของสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีในเรื่องของสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ซึ่งมีความสอดคล้องกับงานปกติในเรื่องของการเรียนการสอน และในเรื่องของการปฏิรูปการศึกษา ซึ่งเน้นให้นักเรียนเป็นศูนย์กลาง ดังนั้นทางโรงเรียนจึงได้มีการประชุมหารือ และเห็นพ้องต้องกันที่จะสนองราชดำริ ดำเนินงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน อันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ
โรงเรียนหนองนาคำวิทยาคม จังหวัดขอนแก่นเป็นโรงเรียนที่จัดสภาพแวดล้อมทางธรรมชาติที่ร่มรื่นสวยงามและเป็นโรงเรียนที่มีพรรณไม้ธรรมชาติเป็นจำนวนมาก โรงเรียนได้เอาใจใส่ดูแลพรรณไม้เป็นอย่างดีแต่ยังขาดการสร้างจิตสำนึกให้เยาวชนมีความรักความร่มรื่นสวยงามของพรรณไม้เท่าที่ควร จึงมีแนวคิดสอดคล้องกับงานสวนพฤกษศาสตร์ในโรงเรียนตามแนวพระราชดำริของสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้สมัครเข้าร่วมโครงการดังกล่าว
สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน คือแหล่งรวบรวมพืชพรรณไม้ต่าง ๆ ที่มีชีวิต จัดปลูกตามความเหมาะสม ในสภาพที่คล้ายกับถิ่นอาศัยเดิมใช้เป็นแหล่งข้อมูลเผยแพร่ความรู้เกี่ยวกับพืชพรรณได้ เป็นที่พักผ่อนหย่อนใจ เพื่อเป็นสื่อให้เยาวชนนั้นได้ใกล้ชิดกับพืชพรรณไม้ เห็นคุณค่าประโยชน์ ความสวยงาม อันก่อให้เกิดความคิดที่จะอนุรักษ์พันธุกรรมพืชต่อไป นอกจากนี้กิจกรรมทั้งหลายสามารถดำเนินการได้ในพื้นที่โรงเรียน เพื่อประโยชน์ในการศึกษาค้นคว้าและการเรียนการสอนวิชาต่าง ๆ
